La visite guidée, d’une durée de 30 minutes, fait le tour de 2 des 4 espaces disponibles : un chantier naval traditionnel et un galion du XVIe siècle. L’exposition, consacrée aux baleiniers basques, et l’atelier des métiers traditionnels se visitent indépendamment.

L’Albaola comprend quatre espaces distincts, dont deux peuvent se visiter accompagnés d‘un guide. Tout d’abord, le musée abrite une exposition consacrée aux baleiniers basques, un voyage à travers l’histoire fascinante de ces chasseurs de baleines, racontée en suivant le sillage du galion San Juan. Plusieurs supports graphiques très visuels, outils et maquettes retracent le périple de ce baleinier qui a coulé à Terre-Neuve, au XVIe siècle, et a été « secouru » des siècles plus tard par une équipe d’archéologues du patrimoine subaquatique de Parcs Canada. L’exposition se visite individuellement.

À partir de là, en montant à l’étage principal par les escaliers ou l’ascenseur, on accède au chantier naval traditionnel et point de rendez-vous avec les guides. Depuis les gradins, qui servent de siège, on peut voir en direct le travail des stagiaires de l’école internationale de charpenterie de marine de l’Albaola, qui construisent des bateaux de différentes époques et de différents types ou en restaurent d’autres à valeur patrimoniale. Puis, en traversant un tunnel de bois, on accède à la partie du chantier naval où est actuellement construite la réplique du galion San Juan, un projet unique au monde qui bénéficie du soutien de l’UNESCO. La construction peut être admirée de la proue et de la poupe, de bâbord et de tribord. Pour finir, on arrive à l’espace dédié aux métiers traditionnels, dédié aux métiers liés à la construction navale comme la forge, la fabrication de rames et de poulies, la corderie ou la confection de voiles.

L’Albaola propose des visites guidées dans quatre langues, en basque, espagnol, français ou anglais.